Metallica

• No Life 'Til Leather (1982)
• Kill 'Em All (1983) (đồng sáng tác 4 ca khúc, không tham gia trình diễn)
• Ride the Lightning (1984) (đồng sáng tác 2 ca khúc, không tham gia trình diễn)
• Cliff 'Em All (1987)

Megadeth

• Killing Is My Business... and Business Is Good! (1985)
• Peace Sells... but Who's Buying? (1986)
• So Far, So Good... So What! (1988)
• Rust in Peace (1990)
• Countdown to Extinction (1992)
• Youthanasia (1994)
• Cryptic Writings (1997)
• Risk (1999)
• The World Needs a Hero (2001)
• The System Has Failed (2004)
• United Abominations (2007)
• Endgame (2009)
• Thirteen (2011)
• Super Collider (2013)
• Dystopia (2016)
• The Sick, the Dying... and the Dead! (2021)

MD.45

• The Craving (1996) (chỉ chơi guitar trong ấn bản gốc; chơi guitar và hát trong bản tái bản 2004)

Red Lamb

• Red Lamb (2012) (sáng tác, sản xuất và hát bè)

Guitar Hero: Warriors of Rock (trò chơi điện tử)

Mustaine sáng tác ca khúc "Sudden Death" trong trò chơi điện tử Guitar Hero: Warriors of Rock, phát hành vào tháng 9 năm 2010 cùng ban nhạc Megadeth. Trò chơi cũng có 2 ca khúc nổi tiếng của Megadeth là "Holy Wars... The Punishment Due" và "This Day We Fight!". Các nội dung của Megadeth chỉ được phép tải về tới ngày 31 tháng 3 năm 2015[2] bao gồm "Symphony of Destruction", "Hangar 18" và "Peace Sells". Sau đó các ca khúc này bị gỡ bỏ.